起源

塞格德大学的起源可以追溯到1581年, 在当时的立陶宛大公、波兰国王(1571-1586)、也是西瓦尼亚亲王的斯特凡·巴托里的努力下，建立了一所天主教大学——克卢日 (匈牙利语：Kolozsvár，克卢日-纳波卡的旧称) 学院，由两个文学院和神学院两个院系组成，并在短时间内成为著名的大学。由于大学教授在全欧洲都很有名，当时的大学不仅已经能提供高标准的教育，还有权授予学士学位和硕士学位。在16世纪末，它是匈牙利唯一的高等教育机构。

创立

后来，玛丽亚-特蕾西娅委托皮亚尔派对学院进行重组，结果在1775年成立了医学-外科学院。起初只教授解剖学、外科和产科，从1787年起，又设立了其他学科。后来，这些都成为1872年弗兰茨·约瑟夫一世创建的皇家大学的基础。
塞格德大学作为一所“大学”运作，始于1872年。1872年，匈牙利皇家弗兰茨·约瑟夫大学（Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetem）在今天的罗马尼亚境内的克卢日-纳波卡（旧称：克卢日）成立, 一直运作到 1921年。

校址搬迁

1921年，大学迁往塞格德市。迁到塞格德后，校长加斯帕·梅尼哈特（Gáspár Menyhárt）隆重主持了大学在赛格德的第一个学年（1921年）的开学典礼, 大学大楼的建设在之后的几年里陆续开始。
1930年，在塞格德还愿教堂（Votive Church）前，围绕着大教堂广场（Dóm Square）的大学建筑已经开放, 植物园的第一个池塘也已建成。
1937年，圣捷尔吉·阿尔伯特被授予诺贝尔奖。

二战影响与大学更名

1940年， 在二战期间, 就在第二次维也纳条约签订之后, 弗兰茨·约瑟夫大学的一部分重新搬迁到克卢日-纳波卡，而留在塞格德市的院系则组建了霍尔蒂·米克洛什大学（Miklós Horthy University）。圣捷尔吉·阿尔伯特被任命为大学校长。
1945年，大学更名为塞格德大学（University of Szeged）。

院系重整

1951年，医学院脱离与塞格德大学, 开始作为一所独立大学运作。
1962年，塞格德大学采用匈牙利诗人阿蒂拉·尤若夫的名字命名。
1987年，塞格德医科大学采用了诺贝尔奖得主圣捷尔吉·阿尔伯特的名字命名。
1996年，创建新塞格德大学的意向声明由阿蒂拉·尤若夫大学（Attila József University）、圣捷尔吉·阿尔伯特医科大学 （Albert Szent-Györgyi Medical University）、尤哈斯·久洛师范学院（Gyula Juhász Teacher Training College）、弗朗兹·李斯特音乐学院（Ferenc Liszt Musical College）、（赛格德）园艺和食品工业大学的食品工业学院、 德布勒森大学农学院（Hódmezövásásárely）和作为准会员的神学院和匈牙利科学院塞格德生物中心共同签署。

新赛格德大学的成立

2000年，随着阿蒂拉·尤若夫大学、圣捷尔吉·阿尔伯特医科大学 、尤哈斯·久洛师范学院、（塞格德）园艺和食品工业大学的食品工业学院、德布勒森大学农学院的加入，新的塞格德大学（匈牙利语：Szegedi Tudományegyetem，简称：SZTE）大学正式建立。2003年，赛格德音乐学院并入，并成为了塞格德大学的第12个学院。
2004年，学习和信息中心的新大楼 (Tanulmányi és Információs Központ – TIK) 已启用, 其中很大一部分用来作为大学图书馆。一年后, 该中心以匈牙利诗人阿蒂拉·尤若夫的名字命名。2009年，塞格德大学被授予高等教育质量奖。2010年，该大学被授予研究型大学称号。2012年，匈牙利第二所官方孔子学院在校长办公室大楼内开张。2013年，塞格德大学被授予卓越大学称号。2014年，ELI激光研究中心的在塞格德隆重开张。